中国荷斯坦牛乳房炎易感性及抗性的全基因组关联分析

doi:10.11843/j.issn.0366-6964.2013.12.007

畜牧兽医学报 ›› 2013, Vol. 44 ›› Issue (12): 1907-1912.doi: 10.11843/j.issn.0366-6964.2013.12.007

中国荷斯坦牛乳房炎易感性及抗性的全基因组关联分析

王晓^1#，解小莉^1,2#，王胜¹，钱梦樱¹，马裴裴¹，张沅¹，孙东晓¹，刘剑锋¹，丁向东¹，姜力¹，王雅春¹，张毅¹，张胜利¹，张勤^1*，俞英^1*

(1.中国农业大学动物科技学院，北京 100193； 2.西北农林科技大学理学院，杨凌 712100)

收稿日期:2013-06-17 出版日期:2013-12-23 发布日期:2013-12-23
通讯作者: 俞英，副教授，博士生导师，主要从事动物分子抗病育种及表观遗传调控研究，E-mail: yuying@cau.edu.cn; 张勤，教授，博士生导师，主要从事动物分子数量遗传学研究，E-mail：qzhang@cau.edu.cn
作者简介:王晓（1988-），男，山东即墨人，硕士生，主要从事动物分子数量遗传学研究，E-mail: wangxiao880923@aliyun.com；解小莉，博士，主要从事生物数学与生物信息学研究，E-mail: xiemary@nwsuaf.edu.cn。王晓和解小莉共同为第一作者
基金资助:
国家自然科学基金（31272420）；农业部奶业体系项目（CARS-37-04B）；“十二五”国家科技支持项目（2011BAD28B02）；“863”重大项目（2008AA101002）；教育部基本科研项目(2011JS006，Z109021306)；长江学者与创新团队发展计划（IRT1191）

Genome-wide Association Study for Mastitis Susceptibility and Resistance in Chinese Holsteins

WANG Xiao^1#, XIE Xiao-li^1,2#, WANG Sheng¹, QIAN Meng-ying¹, MA Pei-pei¹, ZHANG Yuan¹, SUN Dong-xiao¹, LIU Jian-feng¹, DING Xiang-dong¹, JIANG Li¹, WANG Ya-chun¹, ZHANG Yi¹, ZHANG Sheng-li¹, ZHANG Qin^1*, YU Ying^1*

(1.College of Animal Science and Technology, China Agricultural University, Beijing 100193, China;2.College of Science, Northwest A&F University, Yangling 712100, China)

Received:2013-06-17 Online:2013-12-23 Published:2013-12-23

摘要/Abstract

摘要：

本研究首先通过SAS 9.1分析2 093头北京地区中国荷斯坦牛体细胞数（SCC）的变化规律，依据SCC将牛只划分为乳房炎易感牛（Case）及抗性牛（Control）；再基于Case-control设计进行全基因组关联分析。通过染色体水平的Bonferroni校正，共检测到6个 SNPs与乳房炎易感性及抗性显著相关。其中19号染色体检测出的显著SNP（ARS-BFGL-NGS-78516，P=5.200 65e-05）在其200 kb范围内共有3个基因（PRKRIP1、ARHGAP23和TBX21）与炎症反应密切相关。研究结果为奶牛乳房炎易感性及抗性的分子遗传基础研究提供了数据。

Abstract:

The variation trends of somatic cell count (SCC) in 2 093 Chinese Holsteins in Beijing were analyzed using SAS 9.1. According to the SCC data, all of the cows were divided into two groups, mastitis susceptive cows (case) and resistant cows (control). Based on case-control design, genome-wide association study was further performed. The results showed that six SNPs were significantly relevant to mastitis susceptibility or resistance after Bonferroni adjusting on the chromosome level. Three genes (PRKRIP1, ARHGAP23, TBX21) on BTA19 closely related to inflammation response were discovered near the significant SNP (ARS-BFGL-NGS-78516，P=5.20e-05) within 200 kb. The results provide fundamental data for molecular genetics of mastitis resistance in dairy cattle.

中图分类号:

S823.9⁺1.2

王晓，解小莉，王胜，钱梦樱，马裴裴，张沅，孙东晓，刘剑锋，丁向东，姜力，王雅春，张毅，张胜利，张勤，俞英. 中国荷斯坦牛乳房炎易感性及抗性的全基因组关联分析[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(12): 1907-1912.

WANG Xiao, XIE Xiao-li, WANG Sheng, QIAN Meng-ying, MA Pei-pei, ZHANG Yuan, SUN Dong-xiao, LIU Jian-feng, DING Xiang-dong, JIANG Li, WANG Ya-chun, ZHANG Yi, ZHANG Sheng-li, ZHANG Qin,YU Ying. Genome-wide Association Study for Mastitis Susceptibility and Resistance in Chinese Holsteins[J]. ACTA VETERINARIA ET ZOOTECHNICA SINICA, 2013, 44(12): 1907-1912.

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